在医院污水中含有一些特殊的污染物，如药物、消毒剂、诊断用剂、洗涤剂，以及COD、BOD5、氨氮、SS、病原性微生物、寄生虫卵及各种病毒，如蛔虫卵、肝炎病毒、结核菌和痢疾菌等。
与工业废水和生活污水相比，它具有水量小，污染力强的特点。如任期排放，必然会污染水源，传播疾病。
